放射性同位元素（RI）使用施設は、液体放射性同位元素を用いて放射線の体細胞または生殖細胞に及ぼす影響を調べる実験室です。³²P、³H、⁵¹Cr、¹²⁵I など 7種の核種が許可されており、最近では、³²P を使用した DNA解析が最も頻繁に行われています。

研究部門の共同使用施設として、分子生物科学部らの職員10数名が当施設を利用するために放射線業務従事者として登録されており、これらの従事者には年1回の教育訓練と年2回の健康診断が実施されています。施設の安全管理は 2名の担当者により行われています。RI 施設内の空気中放射能濃度と排気中放射能濃度の測定データは、管理室にある中央監視装置に送られるようになっています。

当研究所は RI 施設 の安全管理に関して法令を遵守しています。監督官庁である原子力規制委員会は操業を監視し、他の事業所で違反などがあった場合は、再発防止のため関係事業所に通達を出すことになっており、その通達を受けて、当研究所の施設に不備な点がないかを検討し、施設の運営改善に努めています。