この方法では、DNAを2種類の制限酵素で断片化し、アイソトープでラベルした後、アガロースディスクゲルによる一次元目の電気泳動を行います。 ゲル中のDNAを第3の制限酵素で処理した後、ディスクゲルをポリアクリルアミドスラブゲル上にのせて、二次元目の電気泳動を行います。そうすると、1枚のゲル上に約2000個のDNA断片を分離することができます。両親と子供のゲルをコンピュータ画像解析法で比較すると、主に欠失、増幅などの突然変異を検出できます。また、制限酵素認識部位の単一塩基置換も検出されます。この方法は、一度に、多数の未知のDNA領域中の突然変異を、プローブを使うことなく検出できるという特徴を持っています。