劉 祐誠
所属
分子生物科学部
E-mail: liu_y@rerf.or.jp
E-mail: liu_y@rerf.or.jp
研究員について
バイオインフォマティクス、免疫学、およびシングルセル・マルチオミクス解析を専門とし、次世代シーケンサー（NGS）データ解析、機械学習・深層学習を用いた生命情報解析技術の開発と応用に取り組んできました。これまで、single-cell RNA sequencing、T細胞受容体（TCR）レパトア解析、長鎖シーケンス、空間トランスクリプトーム解析などを用いて、ヒト免疫系の動態や疾患関連メカニズムの解明を進めてきました。COVID-19パンデミック時には、日本の「コロナ制圧タスクフォース」に参画し、大規模シングルセル解析や免疫学的データ解析を通じて、感染症研究および免疫応答解析に従事しました。この期間を通じて、シングルセル・マルチオミクスを基盤とした免疫学研究の経験を蓄積してきました。現在は放射線影響研究所（RERF）において、原爆被爆者コホートを対象とした免疫学的・ゲノム学的解析に従事しており、特にT細胞レパトア解析、加齢関連造血変化、および放射線影響に関連する免疫系変化の解析を進めています。また、計算科学、データ駆動型解析、および数理的アプローチを活用し、シングルセル・マルチオミクスデータから長期的生体変化を理解する研究に取り組んでいます。
学歴
- 2016
- Ph.D. 國立交通大學 生物資訊及系統生物研究所
- 2012
- B.A. カリフォルニア大学サンディエゴ校（UCSD） バイオエンジニアリング・バイオインフォマティクス
職歴
- 2025-現在
- 放射線影響研究所 分子生物科学部 副主任研究員
- 2023–2025
- 大阪大学 免疫学フロンティア研究センター 特任助教
- 2020–2023
- 大阪大学 免疫学フロンティア研究センター 特任研究員
- 2018–2020
- KOTAIバイオテクノロジーズ株式会社
- 2017–2018
- カリフォルニア大学サンディエゴ校
- 2016–2017
- 國立交通大學 生物資訊及系統生物研究所
主な研究論文
- Liu YC, Li JR, Sun CH, Andrews E, Chao RF, Lin FM, Weng SL, Hsu S Da, Huang CC, Cheng C, et al. CircNet: A database of circular RNAs derived from transcriptome sequencing data. Nucleic Acids Res (2016) 44:D209–D215. doi: 10.1093/nar/gkv940
- Chu SY, Chou CH, Huang H Da, Yen MH, Hong HC, Chao PH, Wang YH, Chen PY, Nian SX, Chen YR, …, Liu YC, et al. Mechanical stretch induces hair regeneration through the alternative activation of macrophages. Nat Commun (2019) 10: doi: 10.1038/s41467-019-09402-8
- Liu C, Liu YC, Huang H Da, Wang W. Biogenesis mechanisms of circular RNA can be categorized through feature extraction of a machine learning model. Bioinformatics (2019) 35:4867–4870. doi: 10.1093/bioinformatics/btz705
- Namkoong H, Edahiro R, Takano T, Nishihara H, Shirai Y, Sonehara K, Tanaka H, Azekawa S, Mikami Y, Lee H…, Liu YC, et al. DOCK2 is involved in the host genetics and biology of severe COVID-19. Nature (2022) 609:754–760. doi: 10.1038/s41586-022-05163-5
- Taniguchi S, Matsui T, Kimura K, Funaki S, Miyamoto Y, Uchida Y, Sudo T, Kikuta J, Hara T, Motooka D…, Liu YC, et al. In vivo induction of activin A-producing alveolar macrophages supports the progression of lung cell carcinoma. Nat Commun (2023) 14:143. doi: 10.1038/s41467-022-35701-8
- Edahiro R, Shirai Y, Takeshima Y, Sakakibara S, Yamaguchi Y, Murakami T, Morita T, Kato Y, Liu Y-C, Motooka D, et al. Single-cell analyses and host genetics highlight the role of innate immune cells in COVID-19 severity. Nat Genet (2023) doi: 10.1038/s41588-023-01375-1
- Shirai T, Nakai A, Ando E, Fujimoto J, Leach S, Arimori T, Higo D, van Eerden FJ, Tulyeu J, Liu YC, et al. Celastrol suppresses humoral immune responses and autoimmunity by targeting the COMMD3/8 complex. Sci Immunol (2023) 8: doi: 10.1126/sciimmunol.adc9324
- Shimizu K, Kikuta J, Ohta Y, Uchida Y, Miyamoto Y, Morimoto A, Yari S, Sato T, Kamakura T, Oshima K…, Liu YC, et al. Single-cell transcriptomics of human cholesteatoma identifies an activin A-producing osteoclastogenic fibroblast subset inducing bone destruction. Nat Commun (2023) 14: doi: 10.1038/s41467-023-40094-3
- Miyamoto Y, Kikuta J, Matsui T, Hasegawa T, Fujii K, Okuzaki D, Liu Y, Yoshioka T, Seno S, Motooka D, et al. Periportal macrophages protect against commensal-driven liver inflammation. Nature (2024) 629:901–909. doi: 10.1038/s41586-024-07372-6
- Sakakibara S, Liu Y-C, Ishikawa M, Edahiro R, Shirai Y, Haruna S, El Hussien MA, Xu Z, Li S, Yamaguchi Y, et al. Clonal landscape of autoantibody-secreting plasmablasts in COVID-19 patients. Life Sci Alliance (2024) 7:e202402774. doi: 10.26508/lsa.202402774
- Liu Y-C, Ishikawa M, Sakakibara S, Kadi M Al, Motooka D, Naito Y, Ito S, Imamura Y, Matsumoto H, Sugihara F, et al. Full-length nanopore sequencing of circular RNA landscape in peripheral blood cells following sequential BNT162b2 mRNA vaccination. Gene (2025) 933:148971. doi: 10.1016/j.gene.2024.148971